שייטת הצוללות הוקמה עם רכישתן של שתי צוללות בריטיות מדגם S בחודש ספטמבר 1958. לאחר שצוות ישראלי עבר תקופת אימונים והכשרה בצרפת ובאנגליה הגיעה הצוללת הראשונה, אח"י תנין שמה, לנמל חיפה ב-16 בדצמבר 1959. הצוללת השנייה, אח"י רהב, הגיעה ארצה בחודש יוני 1960. צוללות אלה נבנו במלחמת העולם השנייה, ושופצו באנגליה עבור חיל הים הישראלי. במלחמת ששת הימים הובילה אח"י תנין לוחמים מהקומנדו הימי לפעולה בנמל אלכסנדריה שבמצרים. על מבצע זה קיבל מפקדה של הצוללת, אברהם דרור, את עיטור העוז. אחי תנין סיימה את שרותה בינואר 1968, ואחי רהב בדצמבר 1968. בדור צוללות זה נקבע איכותו של הצוללן מבחינת הידע וכישוריו האישיים, כפונקציית תחומי פעילותו בצוללת, המנטליות האישית, היכולות לעמוד בתנאי לחץ נפשיים ופיזיים ועוד. נקבעו נוסחי פקודות ההפעלה בצוללת בשפה העברית, הוקם מערך ההכשרה (קורס הצוללן) בחיל הים, תורגמו חומרי הלמידה בעיקר מאנגלית לעברית, נקבעו שיטות התחזוקה המתוכננת המונעת ותדירותן. שיטות אלו הועתקו לשיטות התחזוקה בכל כל השייט של חיל הים, הוקם מערך התחזוקה והשיפוץ הכללי של הצוללות במספנת חיל הים ובמספנות ישראל.
